全自动菌落计数仪一般采用成像分析法实现自动计数，即由成像硬件，分析软件组成，成像硬件用于获得清晰有效的菌落图像，以便分析计数。现今的成像硬件有拍照成像的、扫描成像的。由摄像头拍照成像的优点是：成像速度快，能确保在0.5秒内获得菌落图像。由单反相机、卡片机拍照成像的优点是：能自动对焦、且像素分辨率一般更高，但其成像需要3-4秒的时间。分析软件能够自动校正背景、将严重粘连在一起的团装、链状分布菌落自动分割开来；能自动识别菌落计数分类以及对抗生素效价分析、药敏分析功能等。

　　全自动菌落计数仪是一种帮助实验人员对菌落进行计数的仪器，可以减轻实验人员的劳动强度，提高工效，提高工作质量，是各级防疫站、环境监测站、食品卫生监督检验所、医院、生物制品所、药检所、商检局、食品厂、饮料厂、化妆品厂、日化厂及大专院校、科研单位实验室等的仪器。

　　采用高清晰数字CCD相机，快速读取平板菌落数，节省大量的人力和时间；测定结果重现性好，可避免人工计数所带来的人为误差；配套的专业分析软件具有区分菌落和培养基、杂质不同光学特性的能力，如培养基颜色、厚度、菌落大小、颜色、隆起状况、密集性和蔓延性等，筛选特定菌落；能对抗生素的抑菌圈做精确的描述和记录，能进行稀释系数校正等一系列有关运算；计数数据和结果自动传输到计算机，数据自动处理，储存平板图像，为监督检测提供有效的法律依据等。菌落分析仪广泛应用于食品和饮料的品质和卫生检验、水质分析、乳及乳制品的检测、医院临床检验、化妆品检验和药品的品质和质量检测等等，适用于对微生物的菌落计数和计算、抗生素的抗菌性测试和菌种筛选等。