微生物采样器主要包括微生物采水器、采泥器和柱状取样管等。微生物采水器用于采集海水中的微生物样品，由机架和采水瓶两部分组成，将其沉放到预定深度时，投放下坠铁块敲击杠杆后部，杠杆前端挑起，将玻璃管击断，使海水进入采水器瓶内。复背式采水器由一个厚壁橡皮球附加在颠倒采水器上构成，采水器颠倒时，把球口上的塞子拉下，海水进入橡皮球中。无菌采水袋由无菌塑料袋和采水机架组成，采水袋沉放到预定采水深度时，使锤或切刀将水嘴打开，海水流入。采泥器和柱状取样管也可用来采集底质中的微生物样品。